長州藩萩城下(山口県萩市)の長州藩士の家の長男として生まれた。幼少期から剣道に励み、安政4年(1857年)には吉田松陰の松下村塾に入門し、翌年に江戸へ遊学した。
海軍の学校で学び、軍艦にも乗った。文久2年(1862年)に幕府の船で清朝の上海に留学し、欧米の植民地化されている現状を知り、大きな影響を受けた。
帰国後は京都で桂小五郎(後の木戸孝允)や久坂玄瑞と交流して尊皇攘夷派として活動。イギリス公使館の焼き討ちに関わり、文久3年(1863年)に長州藩は米仏の艦船を砲撃するも報復を受けて敗れ、晋作は近代的な軍隊の必要性を痛感。この後に志願兵によって構成された部隊「奇兵隊」を結成。
しかし、この年に京都で尊皇派の公卿が追放され、禁門の変(1864年)で長州軍は幕府側の薩摩軍に敗北し、英仏米蘭の四ヶ国艦隊が関門海峡で下関を砲撃。幕府軍の長州征伐が計画され、長州藩はいよいよ窮地に立たされた。この時晋作は脱藩の罪で投獄され、放免後に四ヶ国艦隊事件の藩代表の一人として講和に応じた。
保守派の藩首脳に対し伊藤俊輔達と決起し、保守派首脳陣を排斥して藩の実権を握った。
幕府は第二次長州征伐を計画したが、慶応2年(1866年)に土佐の坂本龍馬と中岡慎太郎の仲介で西郷隆盛率いる薩摩は桂率いる長州と同盟を結んだ。龍馬の協力もあって晋作は軍備を整え、晋作自ら部隊を率いてを迎撃し、敗走させた。
しかし、晋作はこの直後から肺結核を患い、慶応3年4月14日(1867年5月17日)、大政奉還を見ることなく世を去った。享年29歳。
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